Desenvolupat un nou mètode per estudiar l’estructura de les proteïnes / UB
Un estudi liderat per Modesto Orozco, catedràtic i investigador ICREA Acadèmia del Departament de Bioquímica i Biologia Molecular de la Universitat de Barcelona i de l’Institut de Recerca Biomèdica (IRB Barcelona), i per Xavier Salvatella, investigador ICREA del mateix institut, ha permès determinar una nova manera d’estudiar la forma de les proteïnes.
Tal com explica Orozco, «la combinació de mètodes de simulació molecular per ordinador amb tècniques fisicoquímiques experimentals ha permès superar els obstacles tècnics que havien impedit fins ara esbrinar l’estructura de certes proteïnes». Els resultats han estat publicats a la revista Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).
Aquesta recerca, desenvolupada en el marc del programa conjunt de l’IRB Barcelona i el Barcelona Supercomputing Center (BSC) —centres ubicats al BKC—, presenta un avenç en la investigació de l’estructura de les proteïnes. Segons Michela Candotti, primera autora del treball, «saber la forma que adopten les proteïnes és vital per poder-ne fer qualsevol estudi. No és el mateix que un filferro agafi la forma d’un clip, d’una grapa o d’una molla». Això és especialment rellevant quan una mateixa proteïna pot fer diverses funcions.
En l’estudi els investigadors han pogut descriure els mecanismes químics pels quals les proteïnes es despleguen en presència de compostos com ara la urea. «Aquest era un debat que estava obert des dels anys seixanta i que amb aquest treball es pot considerar tancat», apunta Orozco. D’altra banda, els investigadors han establert una nova estratègia experimental que permetrà descobrir la conformació de les proteïnes intrínsecament desordenades (PID). Les PID són un grup de proteïnes amb estructures no plegades que representen una part important del proteoma i de les quals encara no es coneixen ben bé quines funcions desenvolupen. «Els nostres resultats podran ajudar a la recerca sobre malalties en què estiguin implicades les PID, com ara el càncer, el Parkinson o l’Alzheimer», explica Salvatella. Finalment, s’han pogut determinar els primers passos en el plegament de les proteïnes, un aspecte també objecte de moltes discussions.♦
Referència de l’article
M. Candotti, S. Esteban Martín, X. Salvatella i M. Orozco. «Towards an atomistic description of the urea-denatured state of proteins». Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), (early edition) 25 de març de 2013. DOI: 10.1073/pnas.1216589110
